Pelletöity aktiivihiili on hyvin huokoista ja se poistaa akvaariovedestä tehokkaasti mm. lääkejäämät, kloriinin, erilaiset orgaaniset yhdisteet sekä hajut. 1 grammassa aktiivihiiltä on pinta-alaa jopa 900 m2. Aktiivihiiltä käytetään yleensä vain kuuriluontoisesti esim. lääkejäämien poistoon lääkekuurin jälkeen etenkin makeavesiakvaarioissa, joissa sitä ei tulisi käyttää viikkoa pidempää aikaa kerrallaan. Merivesiakvaarioissa sitä käytetään usein jatkuvasti. Ennen käyttöä huuhtele haalealla vedellä. Aktiivihiilen käyttöä ja käsittelyä helpottavat suodatuspussit.